结合雕像上的服饰细节、金十字架的造型、以及此前官方发布过印有画像的古书剧照，电影《神秘海域》的故事，或许与人类史上首位完成环球航行的航海家斐迪南麦哲伦有关。某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意当中将其喝下，隔天居然变异成了动物。 　　以后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，居然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。本来，四膳首是一名激进的环保主义着，企图经由过程一种神秘的药物将粉碎情况的人类全数都酿成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守筹办将美伢和广志当作尝试对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮忙下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一路，决心破解四膳守的诡计。